开启二周目的关键条件是完成一周目主线剧情并击败四大天王及联盟冠军。通关后系统会自动存档，返回游戏会触发博士来访的剧情，他会帮助玩家升级全国图鉴，这是进入二周目内容的重要前置条件。部分版本需要先回到家中与特定NPC对话获取船票等关键道具才能继续推进剧情。
完成基础条件后，玩家需要前往特定地点触发二周目剧情。常见的方式包括前往水静市港口乘船前往边境小岛，或前往微寐森林深处最初遇见神兽的地点。部分版本需要先在橙华森林获取特殊道具如三日羽毛，再到指定城镇的房屋内睡觉触发梦境事件才能进入梦世界开启二周目内容。这些特殊区域通常会有明显的地标或NPC提示。
二周目开启后会新增多个神兽捕捉地点和特殊剧情。玩家可以前往石之洞窟、120号道路沉寂之窟等区域寻找超梦等传说宝可梦。部分神兽需要先完成特定任务，如收集对战开拓区的全部金象徽才能获得前往世界边缘的海图。天气研究所的研究员会提供古拉顿、海皇牙等神兽的出现地点信息，需要根据提示前往对应区域寻找。
二周目内容通常包含更高难度的挑战和更丰富的收集要素。玩家可以重复挑战强化后的四大天王，或在战斗边疆等新增区域测试队伍强度。部分版本会解锁六星太晶团体战等特殊战斗模式，需要合理搭配队伍属性与技能。完成二周目全部内容后，游戏会保留存档数据供玩家继续探索和收集。
