通关一周目后，二周目剧情将从主角家中开始。下楼与父亲对话获得船票，随后电视新闻会播报丰缘地区出现红色或蓝色传说宝可梦的目击事件，玩家需选择一种颜色（拉帝亚斯或拉帝欧斯），该宝可梦将在地图中随机出现。离开家门时，博士会将图鉴升级为全国图鉴模式，解锁386种宝可梦的收录功能。
前往凯那市或水静市乘船是二周目的核心流程。在船舱内会遇到亚希达，他会介绍对战开拓区的存在。选择前往水静市后，可再次乘船进入对战开拓区选项。该区域包含对战塔、巨蛋、宫殿等七大设施，每个设施均有独特规则。例如对战塔需连续完成七轮3V3战斗，而巨蛋允许玩家提前查看对手阵容。开拓区北部隐藏着图图犬洞穴，需用吼吼鲸喷壶破解伪装成树木的胡说树障碍。
二周目新增的传说宝可梦捕捉环节需注意细节。三神柱的解锁需携带特定宝可梦：岩神柱要求队伍中有吼鲸王，冰神柱需携带雪童子，钢神柱则要配备金属怪。海底洞穴的推石头谜题需按特定路径排列，深处可触发火钢兽的召唤。流星瀑布新增的洞窟能遭遇代欧奇希斯，绿岭市大吾家中可领取铁哑铃，流行瀑布则能触发与大吾的对战剧情。
剧情推进至后期需关注关键道具获取。水静市右上角港口乘船可触发黑暗洛奇亚事件，需使用草系宝可梦触发战斗。海底遗迹的文字解读需携带贤者赠送的翻译器，三马桶房间的进入方式为站在红圈按特定步数移动。异乡人之屋深处能获得美梦神羽毛，鹿子镇前作主角家中可取得王者之证。
对战开拓区的BP点数系统是二周目重要资源。通过挑战设施可获得点数，用于兑换技能教学或稀有道具。例如左边老奶奶教授特别招式，右边老奶奶提供战斗向技能。交换服务中心能用BP换取玩偶与战斗道具，排名中心则记录各设施战绩。建议优先挑战对战巨蛋获取基础点数，其可视对手阵容的特性大幅降低难度。
二周目最终阶段涉及冠军联盟的再度挑战。四大天王的阵容强度提升，建议队伍中配置沙奈朵作为核心，利用复制特性与催眠术控制战局。火暴兽与巨钳螳螂可作为辅助输出，电龙则负责联防。完成全部挑战后，玩家将解锁世界锦标赛，对手包含前作角色三人组，胜利后标志二周目剧情正式完结。
