燕云十六声将军祠宝箱分布在传送点周边野外、祠内院落以及地下密室三处，部分宝箱需要清理据点怪物、借助奇术解谜或是完成前置奇遇才能够解锁，全部宝箱合计二十个，包含普通拾取宝箱、据点清怪宝箱和机关隐藏宝箱三类。
从将军祠传送点落地之后，优先处理传送点右后方的野外营地宝箱，将据点内全部敌人清理完毕之后就可以直接开启。随后朝着西北方向行进，树林后方能够找到一处露天宝箱，继续向前抵达河边区域，悬崖下方会刷新一头棕熊，需要调用太极奇术将棕熊投掷砸向碎石堆，击碎碎石之后山洞显现，山洞内部放置隐藏宝箱，这个点位是多数人容易遗漏的收集点。走出山洞之后跳上山洞顶部，大钟的后侧石坡上还藏有另一个宝箱，需要调整视角仔细观察，不要被大钟的模型遮挡视线。沿着河岸继续推进，沿途还有多处怪物据点宝箱，每一处据点都要清空周遭匪贼，才可以交互开启宝箱，野外区域的宝箱大多藏在乱石堆、大树后方以及坡地凹陷处，小地图只会靠近之后才弹出提示，远距离不会给到标记，需要放慢移动速度仔细搜寻。
进入将军祠主院落之后，院内与偏房内部散落多个宝箱，祠堂正厅的雕像身后就有宝箱，旁边的厢房房间角落同样放置宝箱，部分房门处于关闭状态，需要绕到房屋侧面，借助轻功跳上破损屋檐翻窗进入屋内拾取。院落周边的围墙边角、木架杂物堆后方也会刷新宝箱，不要只关注房屋内部，院墙外侧的低矮平台同样不要忽略。院落内还存在江湖故人NPC方旭，完成整套对话结交之后，NPC身后的宝箱才可以正常开启，如果跳过对话直接靠近，宝箱会处于锁定状态无法交互。
将军祠地下密室包含一批宝箱，想要进入地下，需要先和院内小石头完成对话，随后站在开裂的石板之上，释放千斤坠击碎地面石板，即可下到地下空间。落地第一件事点亮地下界碑，方便后续往返跑图，地下部分宝箱分布在通道两侧房间，部分通道被藤蔓封堵，要拾取场景内的箭袋，切换火箭点燃藤蔓开辟通路。部分石门需要拾取周边火药桶放置墙根，弓箭射击引爆火药炸开墙体，密室当中会刷新多波匪贼敌人，战斗结束之后逐个搜查房间，避开主线任务指引的主干道，多留意分支岔路，很多宝箱都在支线小房间当中。地下探索过程中，完成侠迹任务相关交互之后，将军石像面前还会解锁特殊的藏身宝箱，能够拿到武学奖励，属于收集环节里价值很高的宝箱点位。
收集将军祠宝箱的时候，建议优先备好千斤坠、太极奇术以及火箭箭矢，很多隐藏宝箱都依赖这几项能力解锁。跑图的时候推荐按照野外、祠内院落、地下密室的顺序推进，避免来回反复传送浪费时间。遇到宝箱无法交互的情况，优先检查周遭怪物是否全部清除，相关NPC对话、机关解谜是否做完，部分宝箱需要完成对应见闻奇遇之后才会显现。收集宝箱同时还可以顺带完成此地万事知、猫戏等互动内容，一次性提升清河区域整体探索度，拿到铜钱、长鸣玉、角色经验等各类探索奖励，不用分开多次跑图。
