口袋奇兵移除多余士兵主要依靠长按删除操作，游戏不存在士兵售卖功能，删除士兵不会返还资源，仅能释放基地空间，同时还有战术消耗、合成升级两种间接清理士兵的方式，玩家可以根据自身养成规划灵活选择。不少玩家中后期囤积大量低级兵种，占据基地格子，无法放置高阶部队，掌握士兵清理方式，能够优化基地布局，方便主力兵种培养。
直接删除士兵的操作流程十分清晰，在基地主界面找到想要清理的士兵单位，长按目标兵种，界面弹出功能图标，点击垃圾桶标识就能完成删除。该方式适合少量零散士兵清理，如果基地内同类低级兵数量较多，需要逐个长按操作，暂时没有一键批量全删的快捷功能。需要留意，士兵一经删除无法恢复，操作前仔细甄别兵种，优先清理没有培养价值的低阶小兵，不要误删正在使用的主力部队。
除直接删除外，还能利用游戏核心合成机制消化冗余士兵，两个相同兵种拖拽合并即可升级，持续合成能够减少基地内士兵数量，同时把低级兵转化为更高等级单位，相比直接删除更加划算。对于完全不打算继续使用的兵种，也可以派遣部队参与野外叛军、资源点战斗，借助战斗损耗自然消耗士兵，这种方式适合不想直接删除、希望顺便完成日常任务的玩家。超级雷神这类特殊兵种还有专属重置渠道，进入超级武器实验室找到对应兵种，执行重置操作可以返还造兵加速道具，是处理特殊部队独有的方案。
很多玩家容易产生误区，误以为删除士兵能够拿回粮食、钢材等训练资源，实际清理士兵之后不会返还任何物资，无论选择删除还是战斗消耗，都不存在资源回收。日常养成建议提前控制练兵规模，不要盲目大量训练低级兵种，基地格子紧张时优先清理陆军、海军、空军中非体系内的兵种，集中资源培养单一赛道主力，避免频繁清理士兵造成前期投入白白浪费。同时区分城内驻守士兵与外出部队，城外执行任务的士兵无法直接删除，需要先撤回基地再进行处理。
