挑战模式的关卡难度会比普通关卡高很多，你需要解锁一定的普通关卡进度后才能开启这个玩法。这个模式中每个关卡的地图是不一样的，你要根据敌人的路径放置炮塔保护萝卜的安全。有的关卡会出现双出口，这种就要放在合并路径攻击怪物，不然会有一条路线直通萝卜的位置。有的是一个出口但是有传送门，建议把炮塔放在传送门附近，这样才能保证每次出现怪物都能被消灭掉。掌握这些设置后，你还需要根据挑战模式的关卡难度、怪物的种类和波次做出判断，选择合适的炮塔才能完成任务。
防御塔的选择就多了，这里有瓶子炮塔、手电筒、魔法球、电风扇和月亮等，根据每个炮塔的不同属性来放置在地图里。像月亮炮塔主打的是减速和伤害，一般都在关键路口放置，保证每个关键路段都有减速效果。而魔法球的攻击最多有三条链子，输出伤害不错，可以当主要输出使用。
地图里还有道具可以清除，所有的道具都清除后会得到萝卜币，用在对局购买新的炮塔或者升级炮塔。随着关卡难度的增加，怪物的强度和数量发生改变，这个时候就要根据对局要求合理规划炮塔，因为每个关卡可以选择的炮塔是不一样的。
如果你实在打不过挑战模式也不用担心，在最下面有一排技能栏，这里只要用蓝钻石就可以使用。有全屏攻击、减速等技能根据你对局需求选择技能就好了，甚至还有的高级萝卜也有技能，只有萝卜阿秋是没有任何技能的。
