遗迹探索
主线任务的第二阶段是“遗迹探索”。有些遗迹蕴含着前人遗留下来的高级科技和丰富资源。但是，遗迹周围也危机四伏，充满了未知的敌人和复杂的环境，只有通过派出损耗最小的战甲部队去成功探索，才能获取其中的宝藏。指挥官们还要注意，舰队的派遣、舰队阵型的调整和战斗技能的使用，都影响着探索的结果。
大型反应炉
顺利完成对遗迹的探索后，听从小Q的建议，玩家就可以开始主线任务第三阶段——建设“大型反应炉”。这项任务需要玩家筹备大量的资源，搭建起可以快速生产能源的设施，会有一整套建设和生产过程等待着指挥官去完成。这个过程虽然漫长，但是遭遇到挑战也是提升能力的重要途径。
组建联盟
在收集到足够的资源和经验后，主线任务将进入到第四阶段——“组建联盟”。“组建联盟”不仅仅是找到盟友，更重要的是和盟友一起协作，攻占更多的领地，获取更丰富的资源或者研发更强大的科技。联盟内的成员可以共享资源，互开贸易，也可以组建联合舰队，共同迎战来犯之敌。这一阶段的任务难度有些大，但是只有困难，才能挤发出玩家们的聪明才智与坚毅精神。
星系征服
主线任务的最后阶段是“星系征服”。在这个阶段里，玩家将面临挑战同时也激烈的竞争，因为，只有战胜其他星系的战舰指挥官，才有可能成为真正的星系霸主。拥有更多的星系意味着拥有更大的资源和更强大的实力，这个任务需要指挥官们挖掘自身潜力，充分发挥智慧和勇气。
就算是在这么困难的任务面前，赋予玩家最大动力的是游戏制作人间以反馈给玩家的易用、实用且科技感十足的操作界面以及令人留连忘返的游戏竞技环境和氛围，《星际战甲》的主线任务可以说是这款游戏的灵魂所在，既融合了策略、冒险、建设等多种元素，又给玩家提供了挑战和提升自我实力的平台。每一位成功完成主线任务的战甲指挥官认真投入、机智勇敢的形象，也正是这款游戏想要表达的核心主题。
