光遇黑暗生物是天空王国的光之生物被暗之能量腐化畸变而来，根源是先祖过度开采黑暗石、掠夺光能引发的灾难，最终导致生态崩坏与生物变异。
黑暗生物的诞生，始于先祖对黑暗石的贪婪开发。黑暗石是蕴含暗之能量的特殊矿石，能高效吸收并转化光能，先祖发现后大规模开采，将其用于能源供给与科技研发，甚至建造设施囚禁鳐鲲等光之生物，强制榨取光能为黑暗石充能。长期过度掠夺让环境中的光能急剧流失，暗之能量不断扩散，逐渐污染土壤、水源与空气，打破了光与暗的平衡，为生物腐化埋下隐患。
光之生物的腐化变异是循序渐进的过程。原本温和的光之生物长期暴露在暗之能量中，身体机能逐渐畸变，心智被黑暗吞噬，最终沦为极具攻击性的黑暗生物。比如雨林中的白螃蟹，受黑暗污染后变成暮土的黑螃蟹，习性变得凶暴，会主动撞击旅人；曾经自由翱翔的鳐鲲，被暗之能量侵蚀后逐渐变异，最终成为盘踞暮土、攻击光之子的冥龙，霞谷尽头还能见到未完全变异、仍保留部分意识的白冥龙。红石坠落带来的黑暗能量，还催生了红石螃蟹等特殊黑暗生物，它们伴随红石碎片出现，守护黑暗能量区域。
黑暗生物的分布与特性和污染程度紧密相关。暮土是黑暗能量最浓郁的区域，聚集了冥龙、黑螃蟹、蚊香怪等绝大多数黑暗生物，冥龙会以红光锁定光之子，撞击后可击落光之翼；黑螃蟹擅长群体攻击，可通过叫声掀翻应对。雨林深处、暴风眼等污染严重区域也有黑暗生物出没，它们普遍畏惧光明，心火、蜡烛的光能可对其造成压制，净化黑暗植物也能减少黑暗生物的活动范围。
应对黑暗生物是光遇核心生存玩法之一。面对冥龙，需观察其巡逻路线，利用石柱、建筑残骸等掩体躲避红光锁定，锁定后及时躲藏可避免光之翼掉落。遇到黑螃蟹，可长按角色蓄力发出叫声，将其掀翻后快速通过；面对红石螃蟹，需避开其攻击范围，优先收集螃蟹碎片完成净化任务。合理运用光能道具、熟悉地形掩体，能大幅降低遭遇黑暗生物时的损耗，提升探索效率。
