海洋中会在深海生成一座海底神殿，当我们跨越海洋外出探索时偶尔会发现它。即使我们在存档中从未找到海洋的坐标，也可以在休息中获得海洋探险家地图，上面会标准海底神殿的位置。我们可以在学徒制图师那里交易，需要消耗十三个绿宝石加一个指南针获得一张地图。地图上如果有一个小点在地图上，代表我们离神殿很远，这个点越小代表已经在慢慢靠近了。海底神殿在海里，我们正常下去探索氧气肯定不够会被直接淹死。去直接需要准备好水肺药水，能保证我们在一定时间内不会丢失氧气。夜视药水也需要携带，海里无法插入火把，在没有照明方块的地方就只能依靠夜视探索。护甲需要附魔水下呼吸减缓氧气消耗，稿子附魔水下速掘，能更快的挖掉海底神殿的方块。
海底神殿会生成守卫者和远古守卫者，而守卫者会在神殿外部生成，这样我们想要进入神殿就有一定的难度。当我们进入了海底神殿有限的视野会让守卫者很难瞄准，所以不要在神殿外一直逗留。我们需要想办法尽快进入神殿，海底的怪物还有氧气的消耗都是麻烦。想要开采海底神殿的资源，先要击败神殿内的远古守卫者。远古守卫者会给我们施加挖掘疲劳，不赶紧消灭会影响效率。远古守卫者有高生命和高伤害，但它的体型太大使其无法大幅度移动，所有用近战武器就能将它快速消灭掉。
当所有远古守卫者都被击败，可以用牛奶桶或者美西螈解除挖掘疲劳。进入海底世界主要就是挖掘海晶石和海晶灯，还有大房间里面的金块了。其他房间的天花板上会有一个海绵房，里面有很多海绵，这是一种生存后期十分有用的方块，我们可以尽量多收集一点。将这些东西全部挖完，海底神殿就全部探索完毕。神殿并不是我们海底探索的全部，还有一个海底废墟也是很值得探索的。海底废墟分为寒带海底废墟和温带海底废墟，除了正常的小型废墟还可能会有大型废墟生成。废墟里面也有海晶灯，没有远古守卫者的诅咒开采起来十分方便。
在大型废墟的周围通常会生成四到八个小型废墟，小型废墟里面都会有箱子刷新，不同气候的箱子里面藏着不同的战利品。我们在箱子里面可以开出藏宝图，根据藏宝图的指引前往宝藏位置。宝藏会被掩埋在沙子下面，相比废墟的战利品藏宝图标记的宝藏会丰富很多，宝藏里面可以开出钻石、黄金以及海洋之心。所有海底废墟都有可以的方块生产，用刷子扫一下能获得随机物品。通常一个小废墟里面可疑方块只有两个左右，想刷出需要的物品可以多找这个废墟。温带废墟和海带废墟考古的战利品也有所不同，在热带废墟我们还有几率获得一枚嗅探兽蛋。
