击败肉山后，游戏正式进入困难模式，世界会发生不可逆的变化，包括新增神圣与腐化/猩红生物群系的蔓延、怪物强度大幅提升以及新矿物与BOSS的解锁。首要任务是利用肉山掉落的神圣之锤敲碎恶魔祭坛或猩红祭坛，每次敲碎会随机生成钴蓝/钯金、秘银/山铜、精金/钛金三类矿物。建议优先挖掘钴蓝/钯金矿制作钻头，提升采矿效率，随后逐步升级装备至秘银/山铜砧阶段。
中期需重点收集光明之魂与黑暗之魂，用于合成机械BOSS的召唤物。机械三王（机械蠕虫、双子魔眼、机械骷髅王）的挑战顺序推荐优先解决机械蠕虫，其掉落材料可制作高防御力装备。战斗前需搭建多层平台并配置心形雕像、篝火等增益设施，远程武器如玛瑙散弹枪或叶绿弹连弩能有效应对高机动性BOSS。击败机械三王后，丛林将生成世纪之花花苞，需使用镐挖掘触发战斗。
世纪之花战后，地牢入口会刷新拜月教教徒，击杀后触发月亮事件。四柱（星尘、星旋、星云、日耀）需按特定顺序攻略：优先解决星尘柱以获取召唤类武器辅助战斗，最后处理日耀柱获取近战武器材料。四柱区域需清理足够数量小怪才能破除防护罩，建议使用穿透性武器如吸血飞刀应对密集敌群。月球领主作为最终BOSS，需针对性配置甲虫套或幽灵套，战斗时注意其手部与头部的攻击优先级。
后期可探索专家模式或模组内容延长游戏体验，同时需控制神圣/腐化地蔓延以保护重要生态区域。装备成型后，挑战南瓜月与霜月事件能获取独特坐骑与装饰品。整个困难模式的核心逻辑是矿物升级—BOSS挑战—装备迭代的循环，合理规划资源与战斗节奏至关重要。
