从七岛返回关都地区是二周目剧情的重要环节。完成七岛任务后，玩家需要先回到一之岛与阿棉对话，确认机器修复进度。系统会提示需要寻找红宝石和蓝宝石来恢复通讯功能。前往灯火山右侧洞穴击败火箭队成员，在洞内深处找到红宝石并带回给阿棉，随后获得彩虹通行证，这标志着七岛之间的交通已经恢复。
取得彩虹通行证后，前往五之岛仓库输入密码开启大门。密码信息需要在六之岛的回忆之塔和绿色小径事件中获得。通过水之小径进入记号森林，在森林尽头洞穴最底层取得蓝宝石时会被抢走，同时获得第二段密码。返回五之岛仓库输入完整密码，击败火箭队首领夺回蓝宝石，通讯功能完全修复，玩家即可通过一之岛的港口乘船返回关都地区。
回到关都地区后，首先会出现在枯叶市的港口。华蓝市上方原本被卡比兽阻挡的道路已经可以通行，使用宝可梦笛子唤醒卡比兽后继续前进。穿过岩山隧道抵达紫苑镇，这里是返回关都后的第一个重要地点。在宝可梦塔完成相关剧情后，前往彩虹市解决剩余的火箭队事件，这些内容都是二周目剧情的延续。
最终回到真新镇与大木博士对话，他会根据图鉴收集情况给予相应奖励。整个关都地区的地图已经完全开放，包括之前无法进入的华蓝洞窟等隐藏区域。玩家可以自由探索并挑战训练师之塔等新增内容，这也是游戏后期的主要玩法。整个回关都的过程涉及多个岛屿的任务串联，需要按照特定顺序完成关键道具的收集和密码的获取。
