钥匙是推进剧情的重要道具，主要涉及希鲁夫公司的卡片钥匙和火箭队总部的电梯钥匙。这两种钥匙的获取方式不同，但都对主线流程有决定性影响。卡片钥匙位于希鲁夫公司5楼右侧地面的精灵球内，需要击败守卫的火箭队成员后才能拾取。电梯钥匙则藏在彩虹市游戏厅地下基地的火箭队科研人员身上，需击败对方才能获得。
希鲁夫公司的卡片钥匙获取流程较为复杂。从公司正门进入后，需乘电梯到达5楼，向右行进时会遇到火箭队成员阻拦，必须战胜他们才能继续前进。传送至9楼后再返回5楼，在右侧地面可发现装有卡片钥匙的精灵球。该钥匙用于开启3楼和11楼被锁住的门，尤其是11楼的BOSS房间。没有这张钥匙，玩家将无法解救希鲁夫总裁并获取掌门球。
火箭队总部的电梯钥匙获取需要完成系列步骤。首先进入彩虹市游戏中心，调查海报触发隐藏楼梯进入地下基地。在地下四层击败特定火箭队科研人员后，系统会提示获得电梯钥匙。该钥匙用于激活总部内的电梯系统，可到达原先无法进入的楼层。地下基地存在多个传送装置和岔路，建议在探索时注意保存进度。
卡片钥匙必须在希鲁夫公司剧情中使用，否则无法触发后续与坂木的对战。电梯钥匙则需要在彩虹市剧情中及时使用，否则会阻碍玩家接触火箭队高层成员。钥匙属于一次性剧情道具，使用后不会消失但会失去功能价值。游戏设计上这些钥匙都放置在必经之路上，只要按正常流程探索就不会遗漏。
希鲁夫公司的火箭队成员普遍使用30级左右的超音蝠和双弹瓦斯，建议携带电系或超能力系宝可梦应对。火箭队总部的科研人员则偏好使用瓦斯弹和阿柏蛇，地面系技能效果显著。在这些区域需准备足够的恢复道具，特别是解麻药和解毒剂，以应对频繁的异常状态攻击。
