组合是将五个武将进行配对，只有配对出战力最高，武将之间技能可以互补的组合才是最好的。好的组合无论是前期开荒，还是中期冒进还是后期竞争排名都是非常重要的。由于少年三国志中各势力之中的武将数量还是挺多的，这就导致武将搭配也是呈现多样化。但大致的搭配基本不会出现跨越多个势力的情况。因为游戏中相同势力的武将可以获得独属于势力的buff。这些buff能增加多重属性，让同势力的武将在战斗中可以打出更高伤害。
首先作为四个势力中最强的魏国，比较好的组合是五子良将。这个组合中有张辽、乐进、徐晃、张郃、于禁组成，另外队伍中还可以上场三个武将助力。这三个武将是大乔、袁绍和董卓。这个组合中可以将魏国势力的buff叠加到最高的三层。然后张郃技能可以提升全体武将百分之五十的攻击，徐晃给剩下的队伍增加暴击。
另外的三个武将就负责输出，张郃在对敌人造成伤害的时候，还能给敌人套上中毒的效果。乐进站在队伍的前排，凭借提升防御的技能，在前排提后排输出抗伤。作为辅助的袁绍可以给队伍受伤的前排回复血量，大乔能给所有男武将提供增伤效果。这个阵容在开荒或者打排行榜效果都很不错。
另外就是吴国的治疗阵容，其中有大乔、孙尚香、主角、小乔、甄姬和步练师。在这个阵容中虽然没有武将能用出武将融合技能。但最大的优势就是回复技能的武将多，有步练师、小乔、大乔三位。然后另外的孙尚香和甄姬则是技能造成伤害的同时可以降低对面的怒气进度。怒气技能作为伤害最高的技能，如果放不出来，那就完全失去了效果。
